<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear users,<br><br></div>It is about a few days I have faced a strange problem.<br></div>Actually, xcrysden is working for visualising all the input files of PWscf.<br></div>Unfortunately, after I updated one of the input files ( obtained from the vc-relax calculations), it stops and give me such an error:<br>ERROR: an error occurred while trying to update a structure; Error reading file /tmp/xc_3330/xc_struc.3330.<br></div><div>However, the PWscf is running well with the updated structure.<br></div><div>I used the following command:<br><br><span style="color:rgb(11,83,148)">mohaddeseh@mohaddeseh-Vostro1310:~/Desktop$ xcrysden --pwi in-Ti-OV </span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">+-----------------------------------------------------------------+</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*****************************************************************|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*                                                               *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*  XCrySDen -- (X-Window) CRYstalline Structures and DENsities  *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*               =         ===         =              ===        *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*---------------------------------------------------------------*|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*                                                               *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*    Anton Kokalj (<a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a>)                          *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*    Jozef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia                *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*                                                               *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*    Copyright (c) 1996--2012 by Anton Kokalj                   *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*                                                               *|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">|*****************************************************************|</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">+-----------------------------------------------------------------+</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  Version: 1.5.53</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  Please report bugs to: <a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a></span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  TERMS OF USE:</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  -------------</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  XCRYSDEN is released under the GNU General Public License.</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  Whenever graphics generated by XCRYSDEN are used in scientific</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  publications, it shall be greatly appreciated to include an explicit</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  reference. The preferred form is the following:</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">  [ref] A. Kokalj, Comp. Mater. Sci., Vol. 28, p. 155, 2003.</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">        Code available from <a href="http://www.xcrysden.org/">http://www.xcrysden.org/</a>.</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">XCRYSDEN_TOPDIR=/opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/share/xcrysden-1.5.53</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">XCRYSDEN_SCRATCH=/tmp</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Running on platform : unix</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">   Operating system : Linux</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Package ImageMagick&#39;s convert: /usr/bin/convert</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Package ImageMagick&#39;s import: /usr/bin/import</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Package Ppmtompeg: /usr/bin/ppmtompeg</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Package Babel: /usr/bin/babel</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Package Xwd: /usr/bin/xwd</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Executing: /opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/lib/xcrysden-1.5.53/ftnunit</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">TEXT-WIDGET: .a1.f1.t</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Executing: sh /opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/share/xcrysden-1.5.53/scripts/pwi2xsf.sh /home/mohaddeseh/Desktop/in-Ti-OV</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">reading PRIMCOORD</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Number of Atoms:  0</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Number of Frames: 0</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Estimated number of bonds = 0</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">sInfo(dim) = 3; periodic(dim) = 3</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Executing: /opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/lib/xcrysden-1.5.53/gengeom 0 1 11 1 1 1 1 xc_gengeom.3330 /tmp/xc_3330/pwi2xsf.xsf_out.raw</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Executing: /opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/lib/xcrysden-1.5.53/gengeom 2 1 11 1 1 1 1 /tmp/xc_3330/xc_struc.3330 /tmp/xc_3330/pwi2xsf.xsf_out.raw</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">reading PRIMCOORD</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">reading CONVCOORD</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;/tmp/xc_3330/xc_struc.3330&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Error in startup script: can&#39;t read &quot;sInfo(ldatagrid2D)&quot;: no such variable</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    while executing</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;if { $sInfo(ldatagrid2D) || $sInfo(ldatagrid3D) } {</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    $m.menu entryconfig &quot;Data Grid&quot; -state normal</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    } else {</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    $m.menu entryconfig &quot;Data Grid&quot; -stat...&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    (procedure &quot;Get_sInfoArray&quot; line 13)</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;Get_sInfoArray&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    (procedure &quot;xsfOpen&quot; line 92)</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;xsfOpen $program_output .mesa&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    (procedure &quot;openExtStruct&quot; line 183)</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;openExtStruct 3 crystal external  [list sh $system(TOPDIR)/scripts/pwi2xsf.sh]  pwi2xsf.xsf_out  {PWSCF Input File} ANGS  -file $filedir  -preset pwIn...&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;if [file exists $filedir] {</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">            # pop-up Viewer</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">            ViewMol .</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">            openExtStruct 3 crystal external  [list sh $system(TOPDIR)/scripts/pwi2xsf.sh]  pwi2xsf...&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    (procedure &quot;parseComLinArg&quot; line 89)</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;parseComLinArg [lrange $argv 2 end]&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    invoked from within</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">&quot;if { [llength $argv] &gt; 2 } {</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    parseComLinArg [lrange $argv 2 end]</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">} else {</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    ViewMol .</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">}&quot;</span><br style="color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(11,83,148)">    (file &quot;/opt/exp_softs/tools/xcrysden-1.5.53/share/xcrysden-1.5.53/Tcl/xcInit.tcl&quot; line 609)</span><br><br></div><div>Any help would be appreciated.<br></div><div>Thanks in advance.<br></div><div>Regards,<br></div><div>Mohaddeseh<br></div><div> <br clear="all"></div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">---------------------------------------------------------<br><br>Mohaddeseh Abbasnejad, <br>Room No. 323, Department of Physics, <br>University of Tehran, North Karegar Ave.,<br>Tehran, P.O. Box: 14395-547- IRAN <br>Tel. No.: +98 21 6111 8634  &amp; Fax No.: +98 21 8800 4781<br>Cellphone: +98 917 731 7514<br>E-Mail:     <a href="mailto:m.abbasnejad@gmail.com" target="_blank">m.abbasnejad@gmail.com</a><br>Website:  <a href="http://physics.ut.ac.ir" target="_blank">http://physics.ut.ac.ir</a><br><br>---------------------------------------------------------<br></div>
</div></div></div></div></div></div>