<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <span style="line-height: 1.5; background-color: window;"><br>
      &gt;&gt;Actually, I don't want to modify the relative distance
      between atoms and boundaries. I think journals &gt;&gt;would not
      accept this.</span><br>
    <br>
    I think that modifying the relative distance, as far as the figure
    is concerned, should not be a problem. The only limitation I see is
    that all atoms defined in the ATOMIC_POSITIONS card should be
    translated by the same vector; due to periodicity both structures
    are equal, what will change is the way the program reads the
    structure. Without seeing the actual output I am assuming that your
    optimized coordinates contain atoms with negative values in
    coordinates, for example let's say the initial positions were 0.0,
    0.0, 0.0, but after optimization they changed to -0.1,-0.1,-0.1, so
    assuming a cubic structure of length "1" the program draws the
    optimized coordinates at 0.9, 0.9, 0.9 (equivalent position in the
    crystal cell), the result being the molecule "breaks" in the unit
    cell. By shifiting all positions (to positive values) by a specific
    vector this problem should disappear and as stated both structures
    are equivalent, so this representation should be acceptable. <br>
    <br>
    Both the xsf and pwscf formats are supported by openbabel, so
    converting it to other formats shouldn't be a problem, though I have
    no experience regarding the dynamic matrix, so  I really have no
    idea if information will be lost or not.<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    <br>
    Matic<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 10/27/2015 01:47 PM,
      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:liyincumt@gmail.com">liyincumt@gmail.com</a> wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:2015102714473692451475@gmail.com" type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style>body { line-height: 1.5; }blockquote { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em; }div.foxdiv20151027143411640253 { }body { font-family: 'Segoe UI'; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.5; }</style>
      <div><span></span>Dear Matic,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><span style="line-height: 1.5; background-color: window;">Thank
          you very much for your help!</span></div>
      <div><span style="line-height: 1.5; background-color: window;">Actually,
          I don't want to modify the relative distance between atoms and
          boundaries. I think journals would not accept this. </span><span
          style="background-color: window; line-height: 1.5;">I was
          thinking on whether Molden could display it properly as the
          dynamic matrix file can be read by Molden as well. I tried
          many options in molden but it still can't work. So far I just
          found material studio (Display style: Default) can display it
          properly. </span></div>
      <div><span style="background-color: window; line-height: 1.5;">I
          wonder whether I can convert quantum espresso files including
          dynamic matrix file and pwo into cif or any other format which
          could be read by material studio. Even it can be converted, I
          am still worried about the loss of the information of the
          forces on atoms.</span></div>
      <div><span style="background-color: window; line-height: 1.5;"><br>
        </span></div>
      <div><span style="background-color: window; line-height: 1.5;">Best
          Regards,</span></div>
      <div><span style="background-color: window; line-height: 1.5;">Yin</span></div>
      <div><br>
      </div>
      <hr style="width: 210px; height: 1px;" align="left" size="1"
        color="#b5c4df">
      <div><span>
          <div style="margin: 10px; font-family: verdana; font-size:
            15px;"><span style="color: rgb(0, 0, 0); background-color:
              rgba(0, 0, 0, 0);">Dr. Yin Li <br>
Department of Biophysics,Medical School, University of Pecs,<br>
              No.12 Szigeti Street, Pecs, H-7624, HUNGARY<br>
              Phone: +36-72-535271/36271</span></div>
        </span></div>
      <blockquote style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;
        margin-left: 0.5em;">
        <div> </div>
        <div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
          1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
          <div style="PADDING-RIGHT: 8px; PADDING-LEFT: 8px; FONT-SIZE:
            12px;FONT-FAMILY:tahoma;COLOR:#000000; BACKGROUND: #efefef;
            PADDING-BOTTOM: 8px; PADDING-TOP: 8px">
            <div><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:matic.poberznik@gmail.com">Matic Poberznik</a></div>
            <div><b>Date:</b> 2015-10-27 14:27</div>
            <div><b>To:</b> <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:xcrysden@democritos.it">XCrySDen mailing
                list</a></div>
            <div><b>Subject:</b> Re: [xcrysden] How to display a whole
              molecule in unit cell with good connection?</div>
          </div>
        </div>
        <div>
          <div class="FoxDiv20151027143411640253"> Modifying this in the
            pwscf output file is impossible, so I suggest you convert
            the output file to xsf format using the pwo2xsf.sh tool. It
            can be found in the Quantum Espresso installation directory
            in my case it is in <br>
            <br>
            /esspreso-5.1.1/PW/tools/pwo2xsf.sh<br>
            <br>
            To write the optimized coordinates to the xsf file the
            syntax would be :<br>
            <br>
            bash pwo2xsf.sh -oc name_of_pwout.out &gt; name_of_xsf.xsf <br>
            <br>
            Once you have the xsf file I suggest you shift the
            coordinates of the atoms so that the molecule is in the
            center of the cell; If the molecule atoms are , for
            instance, at 0.0, 0.0, 0.0 you should shift them so that the
            coordinates correspond to 1/2a+1/2b+1/2c where a,b,c are
            vectors of the unit cell. You should shift all atomic
            positions accordingly and the result will hopefully be
            better. <br>
            <br>
            Best regards,<br>
            <br>
            Matic<br>
            <br>
            <div class="moz-cite-prefix">On 10/27/2015 11:25 AM, <a
                moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
                href="mailto:liyincumt@gmail.com">liyincumt@gmail.com</a>
              wrote:<br>
            </div>
            <blockquote cite="mid:2015102712253113411864@gmail.com"
              type="cite" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;
              margin-left: 0.5em;">
              <div><span></span>Dear <span style="line-height: 1.5;
                  background-color: window;">Matic,</span></div>
              <div><span style="line-height: 1.5; background-color:
                  window;"><br>
                </span></div>
              <div><span style="line-height: 1.5; background-color:
                  window;">Thanks for your kind help! </span></div>
              <div><span style="line-height: 1.5; background-color:
                  window;">After setting the number of units drawn, some
                  molecules inside the supercell are displayed
                  correctly. But there are too many molecules inside the
                  supercell. The figure would be hardly accepted by
                  journal.</span></div>
              <div><span style="line-height: 1.5; background-color:
                  window;">Is it possible to just display the molecules
                  correctly in one unit cell? I have tried buttons of
                  the display which are located in the bottom center of
                  the screen, none of them can work properly. </span></div>
              <div><br>
              </div>
              <div><span style="line-height: 1.5; background-color:
                  window;">Best Regards,</span></div>
              <div>Yin</div>
              <hr style="width: 210px; height: 1px;" align="left"
                size="1" color="#b5c4df">
              <div><span>
                  <div style="margin: 10px; font-family: verdana;
                    font-size: 15px;"><span style="color: rgb(0, 0, 0);
                      background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">Dr. Yin Li <br>
Department of Biophysics,Medical School, University of Pecs,<br>
                      No.12 Szigeti Street, Pecs, H-7624, HUNGARY<br>
                      Phone: +36-72-535271/36271</span></div>
                </span></div>
              <blockquote style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;
                margin-left: 0.5em;">
                <div> </div>
                <div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
                  1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
                  <div style="PADDING-RIGHT: 8px; PADDING-LEFT: 8px;
                    FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY:tahoma;COLOR:#000000;
                    BACKGROUND: #efefef; PADDING-BOTTOM: 8px;
                    PADDING-TOP: 8px">
                    <div><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:matic.poberznik@gmail.com">Matic
                        Poberznik</a></div>
                    <div><b>Date:</b> 2015-10-27 12:14</div>
                    <div><b>To:</b> <a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:xcrysden@democritos.it">XCrySDen
                        mailing list</a></div>
                    <div><b>Subject:</b> Re: [xcrysden] How to display a
                      whole molecule in unit cell with good connection?</div>
                  </div>
                </div>
                <div>
                  <div class="FoxDiv20151027121916502830"> Dear Yin,<br>
                    <br>
                    If I understood your problem correctly, I think the
                    best solution is to open the Modify menu and choose
                    the Atomic Radius (Shift+R) option. Once there you
                    can modify the Covalent Radius and Connectivity
                    Factor for each atom type to suit your needs. <br>
                    <br>
                    In order to load your custom parameters when
                    xcrysden starts you should add a line in
                    $HOME/.xcrysden/custom-definitions file, an example:<br>
                    <br>
                    #<br>
                    # this line changes the default atomic radius for
                    aluminum to 1.6<br>
                    #<br>
                    <br>
                    set atmRad(13) 1.6<br>
                    <br>
                    The custom definitions file is described on this
                    link: <a moz-do-not-send="true"
                      class="moz-txt-link-freetext"
                      href="http://www.xcrysden.org/doc/custom.html">http://www.xcrysden.org/doc/custom.html</a><br>
                    <br>
                    If the problem stems from the periodic boundary
                    conditions then first try the different display
                    modes of unit cells, i. e. click the button for the
                    display of the translational asymmetric unit (bottom
                    center of the screen).  Then try Modify =&gt; Number
                    of units drawn (Shift+N), if the covalent radius is
                    correct at least some molecules should be displayed
                    correctly. If that is not enough let me know, there
                    is one more workaround but it is a bit more
                    complicated.<br>
                    <br>
                    Best regards,<br>
                    <br>
                    Matic<br>
                    <br>
                    <br>
                    <br>
                    <div class="moz-cite-prefix">On 10/27/2015 09:19 AM,
                      <a moz-do-not-send="true"
                        class="moz-txt-link-abbreviated"
                        href="mailto:liyincumt@gmail.com">liyincumt@gmail.com</a>
                      wrote:<br>
                    </div>
                    <blockquote
                      cite="mid:2015102710192009085257@gmail.com"
                      type="cite" style="margin-top: 0px; margin-bottom:
                      0px; margin-left: 0.5em;">
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;">Dear Xcrysden
                          developers,</span></div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>Thanks for sharing this excellent
                        visualization software for free! </div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;">I am using xcrysden
                          to visualize the input and output files of
                          quantum espresso. I have a problem with
                          visualization of crystals. Due to the presence
                          of periodic boundary condition, some of atoms
                          which are outside of the boundary look like
                          being non-covalently connected. Is it possible
                          to display a whole molecule with good covalent
                          connections in Xcrysden.</span></div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;"><br>
                        </span></div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;">Thank you very
                          much!</span></div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;"><br>
                        </span></div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;">Best Regards,</span></div>
                      <div><span style="line-height: 1.5;
                          background-color: window;">Yin</span></div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <hr style="width: 210px; height: 1px;"
                        align="left" size="1" color="#b5c4df">
                      <div><span>
                          <div style="margin: 10px; font-family:
                            verdana; font-size: 15px;"><span
                              style="color: rgb(0, 0, 0);
                              background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">Dr. Yin Li <br>
Department of Biophysics,Medical School, University of Pecs,<br>
No.12 Szigeti Street, Pecs, H-7624, HUNGARY<br>
                              Phone: +36-72-535271/36271</span></div>
                        </span></div>
                      <br>
                      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
                      <br>
                      <pre wrap="">_______________________________________________
XCrySDen mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:XCrySDen@democritos.it">XCrySDen@democritos.it</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden</a>
</pre>
                    </blockquote>
                    <br>
                  </div>
                </div>
              </blockquote>
              <br>
              <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
              <br>
              <pre wrap="">_______________________________________________
XCrySDen mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:XCrySDen@democritos.it">XCrySDen@democritos.it</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden</a>
</pre>
            </blockquote>
            <br>
            <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Matic Poberznik
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia </pre>
          </div>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
XCrySDen mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:XCrySDen@democritos.it">XCrySDen@democritos.it</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Matic Poberznik
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia </pre>
  </body>
</html>