I have settled this question. That is, to add more &quot;\n&quot; in the data grid. I think the problem is when xcrysden read one line of the data grid, the length of one line is limited to shorter than, say, 1000 numbers. <br>
<br>YP<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 5, 2010 at 7:11 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:xcrysden-request@democritos.it">xcrysden-request@democritos.it</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send XCrySDen mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:xcrysden-request@democritos.it">xcrysden-request@democritos.it</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:xcrysden-owner@democritos.it">xcrysden-owner@democritos.it</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of XCrySDen digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Error in plotting 3D scalar field, maybe a bug (Yunpeng Wang)<br>
   2. Re: [Pw_forum] Error with Xcryden for view input and output<br>
      of pwscf file (Tone Kokalj)<br>
   3. Re: [Pw_forum] Error with Xcryden for view input and output<br>
      of pwscf file (Tone Kokalj)<br>
   4. Re: [Pw_forum] Error with Xcryden for view input and output<br>
      of pwscf file (<a href="mailto:josepht@chips.ncsu.edu">josepht@chips.ncsu.edu</a>)<br>
   5. Re: Error in plotting 3D scalar field, maybe a bug (Tone Kokalj)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 4 May 2010 05:44:40 -0400<br>
From: Yunpeng Wang &lt;<a href="mailto:yunpengwang85@gmail.com">yunpengwang85@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [xcrysden] Error in plotting 3D scalar field, maybe a bug<br>
To: <a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:k2l82b890711005040244q7e2dbd10g6152acd66a518d5d@mail.gmail.com">k2l82b890711005040244q7e2dbd10g6152acd66a518d5d@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hello all,<br>
<br>
I want to plot a 3D scalar field by XCrySDen. If the number of data-points<br>
is small (&lt;10), I succeed to plot the scalar field and plot the isovalued<br>
surfaces. However, if I use larger (&gt;10) value of number of data-points, the<br>
program will crash and gives error message like &quot;child killed: segmentation<br>
violation&quot;.<br>
<br>
My xcrysden version is 1.5.21.<br>
The following is my .xsf file, in which there is only one DATAGRID_3D<br>
section:<br>
<br>
--------------------------------------------------------<br>
BEGIN_BLOCK_DATAGRID_3D<br>
whatever<br>
    BEGIN_DATAGRID_3D_this_is_it<br>
    10 10 10<br>
    -3 -3 -3<br>
    6 0 0<br>
    0 6 0<br>
    0 0 6<br>
...(totally 1000 numbers)<br>
END_DATAGRID_3D<br>
END_BLOCK_DATAGRID_3D<br>
-----------------------------------------------------------<br>
<br>
Thanks very much!<br>
<br>
--<br>
Yunpeng Wang<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/xcrysden/attachments/20100504/8b459985/attachment-0001.htm" target="_blank">http://www.democritos.it/pipermail/xcrysden/attachments/20100504/8b459985/attachment-0001.htm</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Wed, 05 May 2010 10:31:54 +0200<br>
From: Tone Kokalj &lt;<a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a>&gt;<br>
Subject: Re: [xcrysden] [Pw_forum] Error with Xcryden for view input<br>
        and output of pwscf file<br>
To: PWSCF Forum &lt;<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>&gt;<br>
Cc: <a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:1273048314.9405.60.camel@walk.ijs.si">1273048314.9405.60.camel@walk.ijs.si</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
On Tue, 2010-05-04 at 11:15 -0400, <a href="mailto:josepht@chips.ncsu.edu">josepht@chips.ncsu.edu</a> wrote:<br>
&gt; Instead, the error occurs<br>
&gt; when any parent directory containing the input file has been given a name with<br>
&gt; spaces.<br>
&gt;<br>
&gt; e.g. load attempt of output file located in:<br>
&gt;<br>
&gt; /HOME/JT/QE/QUANTUM\ ESPRESSO\ TESTING/postproc/uroporphyrinogen3/scf1p2r3.out<br>
&gt;  vs<br>
&gt; /HOME/JT/QE/QUANTUM__ESPRESSO__TESTING/postproc/uroporphyrinogen3/scf1p2r3.out<br>
&gt;<br>
&gt; where the first case leads to load failure, and the second is successful.  This<br>
&gt; occurs with the xc-1.5.17-linux_x86-semishared.tar.gz package; untested for others.<br>
<br>
I believe having a whitespace in directory name is not a very smart idea<br>
under Unix. It may break many scripts.<br>
<br>
Nevertheless I adapted xcrysden script, and now it seems to be able to<br>
deal with it (at least it works on my computer). You may try it<br>
yourself. The script is attached to this email, you need to copy it to<br>
your $XCRYSDEN_TOPDIR.<br>
<br>
Regards, Tone<br>
--<br>
Anton Kokalj<br>
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia<br>
(tel: +386-1-477-3523 // fax:+386-1-477-3822)<br>
<br>
Please, if possible, avoid sending me Word or PowerPoint attachments.<br>
See:  <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: xcrysden<br>
Type: application/x-shellscript<br>
Size: 7623 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://www.democritos.it/pipermail/xcrysden/attachments/20100505/c6208797/attachment-0001.bin" target="_blank">http://www.democritos.it/pipermail/xcrysden/attachments/20100505/c6208797/attachment-0001.bin</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 05 May 2010 10:41:43 +0200<br>
From: Tone Kokalj &lt;<a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a>&gt;<br>
Subject: Re: [xcrysden] [Pw_forum] Error with Xcryden for view input<br>
        and output of pwscf file<br>
To: PWSCF Forum &lt;<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>&gt;<br>
Cc: <a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:1273048903.9405.63.camel@walk.ijs.si">1273048903.9405.63.camel@walk.ijs.si</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;UTF-8&quot;<br>
<br>
On Wed, 2010-05-05 at 10:31 +0200, Tone Kokalj wrote:<br>
&gt; I believe having a whitespace in directory name is not a very smart idea<br>
&gt; under Unix. It may break many scripts.<br>
&gt;<br>
&gt; Nevertheless I adapted xcrysden script, and now it seems to be able to<br>
&gt; deal with it (at least it works on my computer). You may try it<br>
&gt; yourself. The script is attached to this email, you need to copy it to<br>
&gt; your $XCRYSDEN_TOPDIR.<br>
<br>
Well, actually I just realized that the patch works for XSF files, but<br>
not for the PWscf files. The latter is too much involved to be adapted<br>
(and it would become a mass).<br>
<br>
Hence may recommendation is: don&#39;t use the spaces in the directory<br>
names.<br>
<br>
Regards, Tone<br>
--<br>
Anton Kokalj<br>
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia<br>
(tel: +386-1-477-3523 // fax:+386-1-477-3822)<br>
<br>
Please, if possible, avoid sending me Word or PowerPoint attachments.<br>
See:  <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Tue, 4 May 2010 11:15:47 -0400 (EDT)<br>
From: <a href="mailto:josepht@chips.ncsu.edu">josepht@chips.ncsu.edu</a><br>
Subject: Re: [xcrysden] [Pw_forum] Error with Xcryden for view input<br>
        and output of pwscf file<br>
To: <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>
Cc: <a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:58446.152.14.192.32.1272986147.squirrel@chips.ncsu.edu">58446.152.14.192.32.1272986147.squirrel@chips.ncsu.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain;charset=iso-8859-1<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I am resurrecting this thread - through spring cleaning, I observed the same<br>
behavior of xcrysden reported last year by Loc Duong Dinh.  The source of the error,<br>
at least for my case, was actually unrelated to the format/content of the pwscf<br>
input/output file one attempts to read into xcrysden.  Instead, the error occurs<br>
when any parent directory containing the input file has been given a name with<br>
spaces.<br>
<br>
e.g. load attempt of output file located in:<br>
<br>
/HOME/JT/QE/QUANTUM\ ESPRESSO\ TESTING/postproc/uroporphyrinogen3/scf1p2r3.out<br>
 vs<br>
/HOME/JT/QE/QUANTUM__ESPRESSO__TESTING/postproc/uroporphyrinogen3/scf1p2r3.out<br>
<br>
where the first case leads to load failure, and the second is successful.  This<br>
occurs with the xc-1.5.17-linux_x86-semishared.tar.gz package; untested for others.<br>
<br>
<br>
Joe Turnbull<br>
North Carolina State University<br>
<br>
<br>
On Sun, 2009-02-02 at 16:08 -0800, Tone Kokalj wrote:<br>
&gt;You will need to provide more info!<br>
&gt;How did you load the file (i.e. sequence of steps), what is the actual file (mail<br>
it as attachement)? Only then there is a change to help. Regards, Tone<br>
&gt;--<br>
&gt;Anton Kokalj<br>
&gt;J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia<br>
&gt;(tel: +386-1-477-3523 // fax:+386-1-477-3822)<br>
&gt;Please, if possible, avoid sending me Word or PowerPoint attachments. See:<br>
<a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a><br>
&gt;On Sun, 2009-02-01 at 18:53 -0800, loc duong ding wrote:<br>
&gt;&gt; Dear all user,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;I have a problem when using Xcrysden to view input and output file of pwscf. The<br>
error i got was:<br>
&gt;&gt;wrong # args: should be &quot;pwInputPreset file&quot;<br>
&gt;&gt;wrong # args: should be &quot;pwInputPreset file&quot;<br>
&gt;&gt;    while executing<br>
&gt;&gt;&quot;pwInputPreset /cygdrive/g/Research/MODELLING/output_model2&quot;<br>
&gt;&gt;    (&quot;eval&quot; body line 1)<br>
&gt;&gt;    invoked from within<br>
&gt;&gt;&quot;eval $preset $file&quot;<br>
&gt;&gt;    (procedure &quot;openExtStruct&quot; line 106)<br>
&gt;&gt;    invoked from within<br>
&gt;&gt;&quot;openExtStruct 3 crystal external {sh<br>
&gt;&gt;/home/cuteo/XCrySDen-1.5.18-bin-shared/scripts/pwi2xsf.sh} pwi2xsf.xsf_out {PWSCF<br>
Input File} ANGS -preset pwInpu...&quot;<br>
&gt;&gt;    (menu invoke)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;I did not see this error before.<br>
&gt;&gt;I great appreciate all your instructions.<br>
&gt;&gt;-----------------------------------------------<br>
&gt;&gt;Loc Duong Dinh<br>
&gt;&gt;Ms-Ph.D Student<br>
&gt;&gt;Sungkyunkwan Advanced Institute of Nanotechnology,<br>
&gt;&gt;Sungkyunkwan University,<br>
&gt;&gt;Suwon, 440-746, Korea<br>
&gt;&gt;Email: mambom1902 at <a href="http://yahoo.com" target="_blank">yahoo.com</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Wed, 05 May 2010 12:39:52 +0200<br>
From: Tone Kokalj &lt;<a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a>&gt;<br>
Subject: Re: [xcrysden] Error in plotting 3D scalar field, maybe a bug<br>
To: XCrySDen mailing list &lt;<a href="mailto:xcrysden@democritos.it">xcrysden@democritos.it</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:1273055992.9405.83.camel@walk.ijs.si">1273055992.9405.83.camel@walk.ijs.si</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;UTF-8&quot;<br>
<br>
On Tue, 2010-05-04 at 05:44 -0400, Yunpeng Wang wrote:<br>
&gt; Hello all,<br>
&gt;<br>
&gt; I want to plot a 3D scalar field by XCrySDen. If the number of<br>
&gt; data-points is small (&lt;10), I succeed to plot the scalar field and<br>
&gt; plot the isovalued surfaces. However, if I use larger (&gt;10) value of<br>
&gt; number of data-points, the program will crash and gives error message<br>
&gt; like &quot;child killed: segmentation violation&quot;.<br>
&gt;<br>
&gt; My xcrysden version is 1.5.21.<br>
&gt; The following is my .xsf file, in which there is only one DATAGRID_3D<br>
&gt; section:<br>
<br>
To be able to help, please send me the whole XSF file (to my personal<br>
email).<br>
<br>
The number of points &gt; 10 is still a very small number. Xcrysden can<br>
display datagrids with million points or more ...<br>
<br>
Regards, Tone<br>
--<br>
Anton Kokalj<br>
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia<br>
(tel: +386-1-477-3523 // fax:+386-1-477-3822)<br>
<br>
Please, if possible, avoid sending me Word or PowerPoint attachments.<br>
See:  <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
XCrySDen mailing list<br>
<a href="mailto:XCrySDen@democritos.it">XCrySDen@democritos.it</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/xcrysden</a><br>
<br>
<br>
End of XCrySDen Digest, Vol 28, Issue 1<br>
***************************************<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Yunpeng Wang<br>