<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Since your system is simple cubic, and your first and second atoms position are (0,0,0) and (-1,0,0), which are both at the vertex position of a cubic, thus the 1st and 2nd atoms at exactly same position (please think about the translation in crystal). Actually, in you input file, atom 1~4 aimed the same position.<br><br><div>--<br>GAO Zhe<br>CMC Lab, Materials Science &amp; Engineering Department,<br>Seoul National University, South Korea<br>        
&nbsp;</div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>At 2012-03-27 06:33:35,"mohamed&nbsp;makhyoun"&nbsp;&lt;makhyoun2@yahoo.com&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">Dear All: <br><br>By running the given input file for pw.x I get the error:<br><br><br>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from check_atoms : error #&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atoms #&nbsp;&nbsp; 1 and #&nbsp;&nbsp; 2 overlap!<br>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>Although I checked the input by XCRYSDEN visualization program and nothing is wrong.<br>&nbsp;I appreciate any help.<br><br>Best Regard<br><br>Mohamed<br>###################################################################<br><br>&amp;CONTROL<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calculation = 'scf' ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 prefix='cu3nbs4'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; restart_mode = 'from_scratch' ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; outdir = '$TMP_DIR/' ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pseudo_dir = '/home/mohamed/espresso/exec/pseudo' ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbosity = 'default' ,<br><br>&nbsp;/<br>&nbsp;&amp;SYSTEM<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ibrav=1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; celldm(1)= 10.397
 ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nat = 20,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ntyp = 3,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ecutwfc = 60. ,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nbnd=90,<br>&nbsp;/<br>&nbsp;&amp;ELECTRONS<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conv_thr=1.0D-8 ,<br>&nbsp;/<br>ATOMIC_SPECIES<br>&nbsp;&nbsp; Nb&nbsp; 92.9064&nbsp;&nbsp; Nb.pbe-sR-sc-us.UPF<br>&nbsp;&nbsp; Cu&nbsp; 63.546&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cu.pbe-sR-us.UPF<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp; 32.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 S.pbe-van-bm.UPF<br>&nbsp;ATOMIC_POSITIONS crystal<br>Nb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Nb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Nb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.000000000<br>Nb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.500000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.500000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.500000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000<br>Cu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500000000<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.757400047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.757400047<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.757400047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.757400047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.757400047<br>S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.757400047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.242599953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.242599953<br>K_POINTS gamma<br><br><br></td></tr></tbody></table></blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>