<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

 http-equiv="Content-Type">

</head>

<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

In my opinion your input structure is wrong. It's very curious that it

still looks good when visualized with xcrysden. <br>

<br>

If you run pw.x with verbosity='high', you will get the atomic

positions in crystal coordinates, as follows<br>

<br>

&nbsp;&nbsp; Crystallographic axes<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; site n.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; positions (cryst. coord.)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 1) = ( -0.5001249 -0.3326688&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 2) = ( -0.7501874 -0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 3) = ( -0.7501874 -0.0826851&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 4) = (&nbsp; 0.0000000 -0.3326688&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 5) = ( -0.2500625 -0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 6) = ( -0.2500625 -0.0826851&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 7) = ( -0.5001249&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 8) = ( -0.5001249&nbsp; 0.1672981&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau(&nbsp; 9) = ( -0.7501874&nbsp; 0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 10) = ( -0.7501874&nbsp; 0.4172810&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 11) = (&nbsp; 0.5001249 -0.3326688&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 12) = (&nbsp; 0.2500625 -0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 13) = (&nbsp; 0.2500625 -0.0826851&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 14) = (&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 15) = (&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.1672981&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 16) = ( -0.2500625&nbsp; 0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 17) = ( -0.2500625&nbsp; 0.4172810&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 18) = ( -0.5001249&nbsp; 0.4999669&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 19) = (&nbsp; 0.5001249&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 20) = (&nbsp; 0.5001249&nbsp; 0.1672981&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 21) = (&nbsp; 0.2500625&nbsp; 0.2499829&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 22) = (&nbsp; 0.2500625&nbsp; 0.4172810&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 23) = (&nbsp; 0.0000000&nbsp; 0.4999669&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; tau( 24) = (&nbsp; 0.5001249&nbsp; 0.4999669&nbsp; 0.0000000&nbsp;

)<br>

<br>

To me it seems that some atoms are almost overlapping. For instance,

the positions of atom 1 and atom 11 differ by a vector nearly equal to

the first lattice vector. I think that you have included also some

atoms not belonging to the cell centered in the orgin when building

your cell. Try to remove the extra atoms.<br>

<br>

HTH<br>

<br>

GS<br>

<br>

On 08/19/2010 11:10 AM, meysam pazoki wrote:

<blockquote

 cite="mid:AANLkTimyPjSANc6tdLarCuWCsJzKu-+HPqXTQE__-W4c@mail.gmail.com"

 type="cite"><br>

  <br>

  <div class="gmail_quote">

  <div class="gmail_quote">

  <div class="im"><br>

  <div>Dear pwscf users</div>

  <div>&nbsp;</div>

  <div>Thanks for&nbsp;the answers.As I said,I See the honeycomb structure

in xcrysden.</div>

  </div>

  <div>

  <div>I dont know what is wrong, I have attached&nbsp;the .in&nbsp;file.</div>

  <div class="im">

  <div>

  <div>&nbsp;</div>

  <div>Thanks&nbsp; for considering my question</div>

  </div>

  <div>Regards</div>

  <div>meysam Pazoki</div>

  <div>PhD. student of physics</div>

  <div>sharif university of technology</div>

  </div>

  </div>

  <div>&nbsp;</div>

  </div>

  <br>

  </div>

  <br>

  <pre wrap="">

<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

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  </pre>

</blockquote>

<br>

<br>

<pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Gabriele Sclauzero, EPFL SB ITP CSEA

PH H2 462, Station 3, CH-1015 Lausanne

</pre>

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</html>